純度六六％的新系人

在民進黨派系政治運作中，邱義仁過去一向是色彩鮮明、算計精準的「新潮流大老」角色，他有理念、有論述能力、有政治方向感，只要有他在派系中運籌帷幄，新系子弟兵個個都變得驍勇善戰了，讓新潮流成為所有派系的「假想敵」，是黨內同志眼中最可怕又可恨的競爭對手，只因為「大家玩不過新潮流」。
因此，阿扁坐上大位後，邱義仁是最重要的拉攏對象之一，向來扮演「紅衛兵」角色的新系，也被外界說成是阿扁的「禁衛軍」。
新潮流對這種「推論」有異議，他們認為邱義仁在執政之後，已經淡出新潮流派系運作，只和吳乃仁、林錫耀等極少人有私下往來，他的權力來源是阿扁，所做所為沒有踰越阿扁意志，而且在最關鍵的時刻，他都站在阿扁的立場說話，和新潮流站在對立面。像新系反「排藍民調」，邱和扁並不反對，排藍民調案才會通過成為黨的決議；國務機要費起訴後，新系反扁，主張民進黨要和扁家人作切割，但邱不僅挺扁，還從國安會祕書長回任總統府祕書長，為阿扁辯護，「所以邱義仁早已是扁系，而不是新系人了！」
雖然邱義仁是新系口中的「包袱」，但所有與新潮流有派系恩怨的人，也都把新系的帳算在邱義仁頭上。最明顯的是，只要黨內有什麼事喬不定，阿扁都找邱義仁去溝通，因為新潮流的壞人緣、難溝通也是黨內出名的，找邱義仁用新系的語言去溝通還比較容易說得通。
邱義仁經過府院三大幕僚長的歷練，吸取民進黨八年執政菁華，行政功力大增，可說是除了阿扁之外，民進黨唯一「完全執政」的人。他伴君如伴虎地幫阿扁做了整整八年的事，某種程度而言，他形同阿扁的「義肢」，阿扁主政不能一天沒有他。