民進黨執政八年，邱義仁歷任總統府、國安會、行政院三大祕書長，最後更擔任行政院最有實權的副院長，總決一切重大政務和人事。民進黨執政八年的菁華都在他身上，他是阿扁之外唯一「完全執政」的人。

對邱義仁而言，他的人生在過去八年達到「登峰造極」的境界，短時間內歷任府院三大祕書長要職，能有如此公務際遇的人，目前可說「前無古人，後無來者」。他或許是一匹「千里馬」，但若沒遇上陳水扁總統這個「伯樂」，恐怕也不會有今天這樣的非凡紀錄。

阿扁是邱義仁最重要的「伯樂」

如果今天民進黨執政成績獲得滿堂彩，邱義仁肯定是最大功臣，足以躋身國之良相行列，功在黨國。但民進黨不過執政八年，就又被國民黨同一批前朝官員給輪替回去，足見人民對民進黨的政績有多麼不滿意。在算總帳的時候，阿扁毫無疑問是「頭號戰犯」，那邱義仁呢？
了解扁政府權力運作的民進黨人指出，如果阿扁是八年政績不佳的「正犯」，那邱義仁就是從旁協助、消極提供服務、但很有執行能力的「共犯」；不過，阿扁雖是提拔邱義仁的貴人，邱也傾全力幫阿扁分憂解勞，二人在政治上是生命共同體，但若要說邱義仁是阿扁的「自己人」，恐怕還有一段距離。
親近邱義仁的朋友說，邱對很多事情都有自己的想法，但不一定能講給阿扁聽，他了解自己是「客卿」的身分，也懂君臣之道，進退有據，該說的話他會說，但政治現實辦不到的話他就省下了；他對政治的本質了解透徹，知道沒有一百分的完美政策，只要有七十五分他就願意試試看，非常「務實」。
行政院官員形容邱義仁「很進入狀況」，甚至接近「爐火純青」地步，對國政熟悉度全黨第一，而且他能舉一反三，聽報告很快就抓到重點，問清楚利害關係後就立下決定，因此所有的反彈都指向他。不過也正因他有能力、願意承擔，在黨內輩分又高，所以才能被信任而委以重任。